установка счетчика копированием файла в хостинг сайта. Я не знаю как устанавливать в самом коде сайта.

Добрый день. Это требует реализацию дополнительных трудоемких механизмов, либо даже протоколов. Сейчас в Метрике есть возможность установить код счетчика непосредственно в исходном коде сайта, при помощи Google Tag Manager, а также при помощи плагинов для различных CMS: https://tech.yandex.ru/metrika/ .