Your comments

Вы можете к условиям в сегменте Y, добавить ещё одно условие: достижение цели X. В результате получите  пользователей нажавших на кнопку Х, при этом пользователи относящиеся к сегменту Y.

Если был визит на сайт и Метрика успешно отработала - в Метрике будет визит и будет поисковый запрос. Если же был только показ сайта в результатах выдачи и визита на сайт не было - этот поисковый запрос будет в Вебмастере, но в Метрике её ни к какому визиту не привязать.

Параметры визитов могут быть вложенными (пример есть в конце страницы).