По-умолчанию, все цели, которые достигались при переходах из Директа, отображаются в интерфейсе Директа. 

https://yandex.ru/blog/metrika/polnyy-poryadok-primechaniya-na-grafikakh

В этом случае рекомендуем Вам настроить передачу параметров визитов во время достижения цели на сайте. Выглядит это примерно так: onclick="yaCounterXXXXXX.reachGoal('ORDER', {URL: document.location.origin}); return true;" .  Подробнее об этом: https://yandex.ru/support/metrika/objects/reachgoal.html#reachgoal__param_params