Текущий механизм регулярных выражений позволяет исключить не нужные Вам страницы, нужно просто изменить само составленное регулярное выражение: http://www.site.ru/content/.*/.*/$ . 

Уточните, пожалуйста, что имеется в виду? В Яндекс.Метрике можно предоставить доступы к одному счетчику: https://yandex.ru/support/metrika/general/access.html .

Добрый день! В текущей реализации оффлайн-конверсий Метрики возможность загружать звонки без наличия визитов пользователей на сайт отсутствует. По этой причине реализовать подобное не представляется возможным. Рекомендуем Вам для этого воспользоваться Целевым звонком: https://yandex.ru/support/metrika/general/target-call.html

Указанная функция не влияет на подсчет данные со стороны Яндекс.Метрики. Метрика считает все переходы на страницы сайта, где установлен счетчик. Фильтры же и сейчас позволяют включить поддомены в список страниц для сбора данных (пункт "Включая поддомены").